נתיבות ממוקמת כ-25 ק"מ צפונית מערבית לבאר שבע, באמצע בדרך בין באר שבע לאשקלון, כ-15 ק"מ ממזרח לעזה.

מבחינת כבישי ישראל, נתיבות נמצאת בדיוק בצומת הכבישים 25 (באר שבע) ו-34 (באר שבע-אשקלון), ובמרחק קטן מכביש מס' 293 המוביל לצומת בית קמה, מכביש 40 - קרית גת ומרכז הארץ.

מיקומה הגיאוגרפי של נתיבות בעורקי התחבורה הראשיים ונגישותה הנוחה למרכז הארץ, מקנים לה יתרונות כלכליים רבים. לכך מצטרפת תכנית האב המטרופוליטנית לבאר שבע, על פיה אמורים להתבסס במרחב באר שבע 3 מרכזים עירוניים מיוחדים (בנוסף לגלעין המטרופוליטני) - נתיבות, דימונה ורהט, כאשר כל מרכז עתיד לשרת את האוכלוסייה הסמוכה לו. סביבתה הקרובה של נתיבות, אליה מכוונות תכנית האב המטרופוליטנית, שייכת לשתי מועצות אזוריות – שדות הנגב (עזתה) ומרחבים. שטחי המועצה האזורית שדות הנגב (עזתה) מקיפים את נתיבות מכל עבריה. בשדות הנגב יש כיום 16 ישובים - 12 מושבים, שני קיבוצים ושני ישובים קהילתיים. כל יישובי שדות הנגב מיושבים על ידי אוכלוסייה דתית-לאומית

תנאי השטח באיזור:

נתיבות שוכנת בנגב המקראי, בין עזה לבאר שבע, בין נחל הבשור לנחל שקמה, באזור המעבר מן הארץ הנושבת אל המדבר. התפתחותה של נתיבות ומיקומה, ממחישים את הפוטנציאל היישובי והחקלאי שלה. פוטנציאל העומד למבחן בקורות האזור, אשר עברו עליו הן ימים של פריחה והן ימים של דלדול ועזובה.

ההתיישבות בנתיבות ובסביבתה מתאפיינת ב"נדנדה" יישובית, המותנית בתכונות השטח ובכשרון המתיישבים. התמודדות האדם עם גורמי הטבע, הכתיבה את אופי והיקף ההתיישבות.

מבחינה אקלימית, עומדת נתיבות בתחום כמויות גשם של כ-300 מ"מ, על פי ממוצע רב-שנתי (שנים נבחרות).

גשמי האזור מאופיינים באי סדירות בירידתם בזמן ובמרחב. סטייה קטנה מתחת לממוצע הרב שנתי, היוותה בימים קדומים סכנה לחקלאות ולאקולוגיה של האזור. קרקעות הלס והאקלים מגדירים את נתיבות ואת סביבתה כאזור "נגב חלוצי", או "נגב מאוכלס", משום הפוטנציאל החקלאי והיישובי שבה.